A Balaton vizének és nedves partszélének növényzete Európának más hasonló helyzetű, édesvízben élő növényzetétől nem különbözik. A vízben a hínár, a parton a hosszú, keskeny és merev levelű, magastermetű sásfélék uralkodnak a vízi flórában. Nagy színtarkaság ezekben sehol sincs. Ellenben nagy eltérés van a Balaton északi nedvesebb és déli száraz partjának növényszerkezete között. Ez a megállapítás Dornyi Béla és Vigyázó János „A Balaton és környéke részletes kalauza” című könyvéből, egészen pontosan 1934-ből származik.
A Balaton állatvilága nagyon gazdag, a mai ismeretek szerint a tóban és közvetlen környezetében mintegy 1360 állatfaj él. Mikroszkopikus méretű állatkák a vízben, a különböző puhatestűek (pl. tavi- és festőkagyló), férgek az iszapos fenéken. A rovarfajok közül kiemelkedő néhány védett szitakötő, a nádi acsa, a lápi acsa vagy az útszéli szitakötő. A vízfelszín lakója a molnárka. A bogarak közül a feketejegyű nádfutó jelent különösen nagy értéket. A halakról sem szabad megfeledkezni. A fogassüllő, a ponty, a csuka, a garda, a harcsa, a dévérkeszeg – egytől-egyig jellemzői a Balatonnak. A parti övezet a kétéltűek és a hüllők otthona. Jól érzi itt magát a vöröshasú unka, a levelibéka, a kockás sikló, a mocsári teknős.
A Kis-Balaton mellett Balaton is a Ramsari Egyezmény védelmét élvezi a téli időszakban (nemzetközi jelentőségű vadvizek védelmét jelenti). A mintegy 200 madárfaj költő- és táplálkozóhelyéül szolgál a tó a vonulási időszakban, télen pihenőhelyet biztosít többek között a tőkés réce, barátréce, kerceréce, szárcsa számára.
A nádashoz nagyon sok faj élete köthető. A nád egyfajta átmenet a vízi és a szárazföldi világ között. A nádasok védik a vizek partjait a hullámveréstől, szűrik, tisztítják a vizeket. Ugyanakkor a vízszint nagyban meghatározza a nád életterét és az azzal összefüggésben lévő természetes élőhelyet. A nádasok pusztulása természetes folyamat, de az emberi beavatkozás, s legfőképp a vízszint szabályozása, annak megemelése, elképesztő mértékben felgyorsítja mindezt. A nádas eltűnése vagy visszahúzódása gyakorlatilag a növényzet emberi beavatkozásra adott reakciója. Ha nincs a természetes téli-nyári vízszintingadozás, csak a megemelt vízállás, akkor nincs, ami kimossa a nádasok közt felgyülemlett káros anyagokat. A nádas elkezd csökkeni, visszahúzódik a part felé. A halaknak kevesebb területük marad ívásra, tehát a nádasoknak a halállomány utánpótlásában is nagyon fontos szerepe van. Ez pedig komoly változást jelenthet az ökoszisztémában.
A nád kozmopolita növény. Az egész Földön elterjedt, ahol számára kedvezőek az ökológiai feltételek. Európában is az egyik leggyakoribb vízi növény. Sekélyvízű tavakban érzi magát igazán otthon. A Balaton mellett a Velencei-tóban és a Fertő-tóban találkozhatunk vele, de elterjedtek lassú áramlású folyók partján, az alföldi szikes tavakban, valamint halastavakban éppúgy. Magyarország területének 0,4%-át, mintegy 40100 ha-t borítanak nádasok. A Balatonban 1200 hektárnyi nádas van – ennek közel 73 %-a az északi parton –, melynek területe évről évre csökken. A nádasok pusztulásának lassításához és megállításához a Balaton természetes vízszintingadozását lenne szükséges előtérbe helyezni.
A nádasok fő termőhelye a vizek parti zónája, az 50-150 cm közötti vízmélység. A Balatonnál, nyílt vízben 1,5-2 m mélységig is előfordul. Az állomány magassága 2,5-3 m között van, de elérheti a 4-4,5 métert is.
A Balaton nádasai a tó fajban leggazdagabb élőhelyei. Egyfajta biodiverzitás-központok. A víz alatt megtelepedő élőlényeknek hatalmas feladat jut a tó vízminőségének megőrzésében. Rengeteg vírus, baktérium, gomba, alga, hínár él ezen a szinten. A hínárnövények remek búvóhelyet biztosítanak számos halfajnak, oxigént termelnek, szárukon és leveleiken olyan állatok élnek, melyek táplálékot jelentenek egyes halaknak. Ezzel szemben a túlburjánzott hínárállomány hátrányos is lehet. A hideg beálltával elpusztulnak és a bomlás következtében oxigénhiány alakulhat ki. Ez pedig a halak tömeges rosszullétéhez, pusztulásához is vezethet.
A szem elöl, rejtve találhatjuk az ízeltlábúakat, ilyenek a rákok vagy a vízibolhák, melyek a halfajok ivadékainak táplálásánál nélkülözhetetlenek. A puhatestűek közül a tavi kagyló, a vándorkagyló, a közönséges fialócsiga, vagy épp a nagy mocsári csiga jellemző a Balatonra.
A növényvilág változatossága a nádas, a sás, a gyékény látványát nyújtja. Fontos szerepet töltenek be. Megakadályozzák a vízhullámok parti romboló hatását, többé-kevésbé szűrik a tóba ömlő szivárgó vizeket. Biztonságot, árnyékot, búvóhelyet jelentenek halaknak, kétéltűeknek, hüllőknek, madaraknak, és nem utolsósorban a nyugalomra vágyó horgászoknak is.
A nádasok víz (talaj) feletti részében tevékeny állatok mérete és életmódja alapvetően megszabja a nádhoz fűződő viszonyukat. A rovarok, melyek lehetnek vízben élő vagy víz feletti rovarok, mind a halak, mind a madarak fontos táplálékául szolgálhatnak. A kétéltűek és a hüllők inkább a nádszálak közötti teret használják. Nagyon fontos feladat jut a mocsári teknősnek. Táplálékában ott vannak a víziférgek, rákok, rovarok, csigák, kagylók, békák. Ám miután mind az élő, mind az elpusztult állatokat megeszi, így a víz öntisztulásában is kiemelkedő szerepe van. Érdekesség, hogy hallása kitűnő, így a közeledő embert 10-15 méterről is észreveszi és késlekedés nélkül vízbe veti magát.
A madarak és emlősök számára a nádas – és itt már a vágatokban, öblökben, tisztásokban is kell gondolkodni – egyben élőhely is, több faj számára fészkelőhely, de éppúgy fészekanyag is. A vízimadaraknak régebben, de még bizonyos mértékig ma is, valóságos eldorádója a Balaton, természetesen a Kis-Balatonnal egyetemben. Vönöczky Schenk Jakab (1876–1945) munkássága sokak számára ismert lehet. A Magyar Madártani Intézet egykori igazgatója, az ornitológia és természetvédelem kiváló alakja, a hazai madárgyűrűzés megszervezője nagyon sokat tett a balatoni madárvilág megismertetéséért.
A nádvilág jellemző madarai a „szúnyogirtó” nádi rigó és a nádi poszáta. De a nádasban él a függő cinke, a nádasok fülemüléje, a kékbegy vagy a bölömbika. Találkozhatunk a nyílt vízfelületek úszó vagy azok felett csapongó madaraival. A búbosvöcsök, a küszvágó csér, a vízityúk éppúgy gyakori látvány. A távolról feketének tűnő, valójában szürkés-feketés színű szárcsa is e terület rendszeres lakója. Kitűnően úszik, és ha közeledünk, hangos paskolással fut a víz színén. Leggyakrabban a nádassal biztonságosan körbehatárolt víztükrön készíti fészkét.
A Balaton és nádasai az emlősök számára szintúgy fontos élőhelyet biztosítanak. Egészen az apró gerinctelenekre vadászó cickányoktól, a halat zsákmányoló vidrán át, a víz felett cikk-cakkban repülő-vadászó denevérekig. Az emlősök terén a Tihanyi-félszigeten is fellelhető vidra emelkedik ki.
A nádhoz ugyanakkor nem csak a növény- és állatvilág, hanem az emberi faj élete is szorosan köthető. A nád sok egyéb mellett gazdasági szerepet is betölt, jól értékesíthető. Ez érvényes a jelenben, de éppúgy érvényes volt a múltban is. Nem olyan rég a vízparti vagy vízközeli települések lakosai nagyban függtek a tó „viselkedésétől”. A halászat, a nád sokaknak folyamatos megélhetést biztosított. Munkát adott a hétköznapokban, nyáron és télen éppúgy, de a kikapcsolódás helyéül is szolgált. Neves üdülők, kisebb kastélyok, kúriák épültek egykoron, melyek a pihenésnek, a családnak, baráti társaságoknak biztosítottak lehetőséget, hogy a természet szépségét – és a Balaton látványát – közvetlen közelről is megélhessék.
